作為國家高新技術企業,江淮園藝建立了國內一個涵蓋北方半干旱氣候、中部亞熱帶季風氣候及南方熱帶濕潤氣候的1100余畝的育種科研基地，并配有種質資源庫、分子育種實驗室、病毒檢測實驗室、質量檢驗實驗室、組織培養試驗室等現代化育種設施設備，保證科研產品的覆蓋面。
江淮園藝長豐國家瓜菜育種研究創新基地(合肥育種基地)位于長豐縣吳山鎮，是公司核心科研基地，占地面積496畝。主要發揮品種研發、種苗培育、示范推廣、技術培訓、交流合作、產業輻射等方面功能。該基地現已建成國內蔬菜行業企業建設的種質資源庫(中期庫)，也是國內開展所有蔬菜品系室內分子純度鑒定的企業基地。
江淮園藝南繁科研基地(湛江基地)占地面積302畝, 主要利用南方熱帶氣候資源進行材料加代繁殖及新組合的加代比較與鑒定，同時進行華南、西南以及東盟、南亞地區資源的搜集與篩選，并針對我國南方地區及東盟、南亞國家瓜菜市場需求特點進行種質創新及品種選育工作。
江淮園藝北方科研基地(酒泉基地)占地面積238畝，主要利用北方干旱氣候特點進行耐干旱種質資源研究與品種試驗，并針對西北、東北以及西亞地區進行種質資源的搜集與篩選,同時開展區域試驗、親本繁殖以及三系配套育種研究工作。
江淮生物科技有限公司（哥斯達黎加）農業自由貿易區占地面積1.7公頃，分公司JH BIOTECH DEVELOPMENT建筑面積680平方米，是目前哥斯達黎加尼科亞半島地區集瓜菜作物組織培養、病蟲害及農殘檢測、集約化育苗、純度檢測為一體的多元化研究中心，同時也是中國企業在美洲建立的農業自由貿易區。
